W departamentach mogą być tworzone: wydziały, biura oraz wieloosobowe lub jednoosobowe stanowiska. Wydziałem lub biurem kieruje zastępca dyrektora departamentu lub kierownik zaś wieloosobowym stanowiskiem pracy koordynator.

Dyrektor departamentu kieruje pracą departamentu i odpowiada za zgodne z prawem, terminowe i należyte wykonywanie powierzonych zadań. Dyrektorzy departamentów pozostają w bezpośredniej zależności służbowej od Marszałka i wykonują swoje zadania pod merytorycznym nadzorem właściwego członka Zarządu. Zastępcy dyrektora departamentu, kierownicy, koordynatorzy oraz pracownicy zatrudnieni na samodzielnych stanowiskach pozostają w bezpośredniej zależności służbowej od dyrektora departamentu.

Dyrektor departamentu realizuje zadania przypisane departamentowi, a w szczególności:

1. kieruje działalnością departamentu zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa, wytycznymi i poleceniami Marszałka oraz poleceniami właściwego członka Zarządu;
   
2. załatwia na podstawie upoważnienia Marszałka określone sprawy w jego imieniu w ustalonym zakresie, w tym wydaje decyzje administracyjne w indywidualnych sprawach z zakresu administracji publicznej;
   
3. ustala zadania dla wewnętrznych komórek organizacyjnych i stanowisk pracy oraz zakresy czynności, obowiązków i odpowiedzialności pracowników;
   
4. dba o należyty dobór pracowników i podnoszenie ich kwalifikacji;
   
5. zapewnia ochronę informacji niejawnych;
   
6. zapewnia dostęp do informacji publicznej;
   
7. organizuje narady z pracownikami w sprawach dotyczących działalności departamentu;
   
8. z upoważnienia właściwego członka Zarządu, uczestniczy w posiedzeniach komisji Sejmiku, prezentując stanowiska Zarządu.
   

Dyrektor departamentu ponosi odpowiedzialność za:

1. terminowe i należyte przygotowywanie materiałów na posiedzenia Zarządu;
   
2. zorganizowanie pracy i zapoznanie pracowników departamentu z obowiązującymi
   przepisami prawa;
   
3. porządek i dyscyplinę pracy;
   
4. poprawne, terminowe i zgodne z dyspozycjami przełożonych załatwianie spraw;
   
5. podejmowanie inicjatyw dotyczących efektywniejszej pracy departamentu.
   

Dyrektor departamentu sprawuje nadzór merytoryczny nad realizacją zadań przypisanych delegaturom, w zakresie kompetencji przypisanych departamentowi. Dyrektor departamentu realizuje swoje zadania i obowiązki przy pomocy zastępców dyrektora departamentu.